Consortium
De Rijksoverheid heeft de start en het bouwen van de NDFF gefinancierd, maar heeft daarbij als voorwaarde gesteld dat de gebruikers zelf de kosten van het onderhoud en de verdere ontwikkelingen moeten betalen. Momenteel neemt een consortium van Het Interprovinciaal Overleg (IPO), de departementen van Economische Zaken (EZ), Infrastructuur en Milieu (I&M) en terreinbeherende organisaties Natuurmonumenten, Staatsbosbeheer en de 12 Landschappen nog een aanzienlijk deel van de kosten voor haar rekening. Zij zijn tevens gebruikers van de NDFF.
De overige opbrengsten komen van abonnees en afnemers van eenmalige leveringen.
Soortenorganisaties
De soortenorganisaties zijn elk gespecialiseerd in een groep dieren of planten. Zij beheren databanken met verspreidings- en ecologische gegevens die door duizenden vrijwilligers verzameld zijn. Deze gegevens zijn ook beschikbaar in de Nationale Databank Flora en Fauna.
De soortenorganisaties hebben in de loop der jaren een grote expertise opgebouwd met betrekking tot veldbiologisch onderzoek, de ecologie van de Nederlandse flora en fauna en het beheren en interpreteren van monitorings- en verspreidingsgegevens.
ANEMOON (Flora en fauna van de zee)
Bryologische en Lichenologische Werkgroep (BLWG) (Mossen en korstmossen)
De Vlinderstichting (Vlinders en libellen)
EIS-Nederland (Ongewervelde dieren)
FLORON (Planten)
Nederlandse Mycologische Vereniging (NMV) (Paddenstoelen)
RAVON (Reptielen, amfibieën en vissen)
Sovon Vogelonderzoek Nederland (Vogels)
TINEA (Micronachtvlinders)
Zoogdiervereniging (Zoogdieren)
Partners
Verschillende organisaties werken samen met de Nationale Databank Flora en Fauna. Bijvoorbeeld door gegevens beschikbaar te stellen of andere kennis te delen.
Alterra (landelijke vegetatiedatabank)
Instituut voor Biodiversiteit en Ecosystem Dynamica (IBED)
Naturalis Biodiversity Center
Natuurhistorisch Genootschap in Limburg
Natuurbank Limburg
Natuurnetwerk
Netwerk Ecologische Monitoring (NEM)
Regelink Ecologie & Landschap
Stichting Natuurinformatie (waarneming.nl)
Stichting Staring Advies
Non-profit
Alle bij de NDFF betrokken organisaties zijn non-profit organisaties en hebben geen winstoogmerk. Het bedrag dat de abonnees voor het gebruik van de gegevens betalen wordt in zijn geheel besteed aan het beheer en de verdere ontwikkeling van de NDFF en gelieerde portalen als Waarneming.nl. Dit is inclusief de instandhouding en eventuele uitbreiding van de vrijwilligersnetwerken van Soortenorganisaties, Waarneming.nl en NHGL: de continue instroom van actuele gegevens is onmisbaar voor de gebruikers van de NDFF.